Dobândirea independenţei Republicii Moldova în 1991 şi-a găsit expresie în toate sferele vieţii sociale, inclusiv în ceea ce priveşte dreptul de a decide organizarea administrativ-teritorială. Numărul şi tipologia unităţilor administrativ-teritoriale sunt în funcţie de dimensiunile teritoriale ale statului, de forma de organizare a lui, de politica promovată de stat, de tradiţiile istorice existente privind organizarea teritoriului. Astfel, Constituţia Republicii Moldova prevede, în art. 110, că teritoriul Republicii Moldova este organizat, sub aspect administrativ, în raioane, oraşe şi sate. În condiţiile legii, unele oraşe pot fi declarate municipii. Fiecare unitate administrativ-teritorială îşi are însemnele distincte, cantitative şi calitative, ce sunt în strânsă legătură cu următoarele caracteristici: – gradul de dezvoltare economică şi social-culturală; – prezenţa structurilor edilitar-gospodăreşti, industriale şi comerciale; – încadrarea populaţiei în diferite sfere de activitate (industrie, agricultură, prestări servicii, activitate intelectuală, viaţă culturală, ştiinţifică şi politică). Organizarea teritoriului s-a desfăşurat în strânsă legătură cu gradul de democratizare a societăţii, cu dinamica relaţiilor economice, complexitatea şi profunzimea schimbărilor în viaţa socială, cu evoluţia mentalităţii ca factor de conştientizare a oportunităţilor.
De la dobândirea independenţei şi până în prezent, în Republica Moldova au avut loc trei organizări administrativ-teritoriale.